Специально для Pro Tools компанией Digidesign была разработана высокоскоростная шина TDM II, соединяющая HD карты и основанная на принципе TDM. TDM (Time Division Multiplexing — мультиплексирование с разделением во времени) — метод цифровой передачи данных, при котором каждому сигналу предоставляется фиксированный промежуток времени в рамках одного канала.
В принципе, всеми функциями Pro Tools можно управлять с помощью клавиатуры и мыши. Вместо традиционных компьютерных можно использовать специализированные интерфейсы. Наибольшую популярность получил контроллер Control24, разработанный компанией Digidesign в содружестве с фирмой Focusrite. Он сочетает возможности микшерного пульта с MIDI/Ethemet контроллерами, с помощью которых можно получить полный доступ ко всем функциям системы.
Аналоговая
часть Control24 включает 16 микрофонных/линейных входов и столько же прямых
выходов, которые соединяются с интерфейсами 96 I/O или 192 I/O.
Для работы с форматом 7:(5:1) предусмотрена панель из 8ми микшеров. На верхней панели устройства находятся 24 линейки, содержащие моторизованные микшеры, многофункциональные круговые
регуляторы (по умолчанию на них назначена панорама), специализированные кнопки, предназначенные для управления модулями динамической обработки, эквалайзерами, заглушением, солированием, записью и воспроизведением
Изначально Pro Tools была рассчитана на работу в комплексе с платформой Apple Macintosh. Поскольку позиции МАСа на рынке стали более шаткими, компания Digidesign решила сделать Pro Tools PC-совместимой. Однако далеко не все функции оригинальной системы поддерживаются компьютером, управляемым Windows NT.
Авторы программного обеспечения для Pro Tools позаботились об эргономичности интерфейса. Для ускорения процесса редакции все инструменты и режимы вызываются через функциональные F клавиши, а доступ к большинству команд осуществляется с помощью нажатия на одну «горячую» клавишу.