По назначению трубы можно разделить на генераторы основных звуков и отдельные источники обертонов. Когда какие-то трубы звучат не очень выразительно сами по себе, для исправления ситуации к основному излучателю приставляются дополнительные трубочки, создающие обертоны основного звука. Сами по себе добавочные элементы могут и не иметь мощного красивого звучания; к примеру, наименьшая из труб длиной несколько сантиметров и диаметром 4 миллиметра способна издавать лишь легкий писк, но в соавторстве с основным тоном она в значительной мере обогащает тембр звука.
Количество труб зависит от числа регистров, которыми оснащается орган. Регистров может быть до сотни и более. Сложная система переключателей позволяет выбирать для исполнения конкретного произведения набор из тех или иных излучателей. Тенденция к созданию все более крупных органов достигла кульминации в огромном, насчитывающем 33 112 трубы, органе в Атлантик-Сити (штат Нью-Джерси). Этот инструмент имеет две кафедры, причем на одной из них — семь клавиатур.
Регистром органа называется ряд труб единого тембра и единой конструкции, из одного и того же материала разной высоты звучания, соответствующей тонам современной хроматической последовательности из 12-ти понтонов. Каждый регистр имеет свое название. В простейшем случае оно происходит от длины наибольшей из используемых труб — 32-футовый, 16-футовый, 8-футовый, 4-футовый. Если в регистре один звук создается несколькими, различными по характеру трубами, он получает название «микстура»; каждому звукорежиссеру, знающему латынь, известен перевод этого слова — «смесь». Регистры, имитирующие звучание других инструментов, соответственно, носят их названия. Некоторые органы, особенно театральные, имеют также ударные тембры, например, имитирующие тарелки и барабан. Опираясь на характер произведения, каждый музыкант волен выбирать те или иные тембры или комбинации регистров. В этом плане орган неисчерпаем и каждое исполнение уникально.